Anders dan bij overheidsarchieven is er voor organisaties als kerken geen wettelijke verplichting tot vernietiging. Toch is het verstandig om het archief wel te ontdoen van informatie die niet meer relevant is. Informatie waarvan de waarde verlopen is en waar geen historisch of juridisch bewaarbelang aanwezig is, kan beter uit het archief worden verwijderd. De term vernietigen wijst uiteraard wel op een definitieve beslissing. Dit geldt voor papieren documenten maar ook voor digitale informatie.
Bij de keuze van bewaren of vernietigen is het van belang om te weten welke waarde de specifieke documenten hebben voor de reconstructie van de taakuitvoering van de betreffende kerkelijke organisatie. Daarvoor is het noodzakelijk om kennis te hebben van het functioneren van een specifiek orgaan in het geheel van de kerkelijke organisatie. Stukken van de kerkenraad zullen meer historisch en ook juridisch belang hebben dan stukken van een tijdelijke commissie.
Wat in elk geval vernietigd kan worden zijn bijvoorbeeld dubbele stukken, reclame, algemene correspondentie waar niets mee wordt gedaan, informatie van andere organisaties waar de lokale kerkelijke gemeenschap niets mee doet enzovoort.
Zoals hiervoor al aangegeven is vernietigen een bewuste en te verantwoorden keuze. De archiefbeheerder is in de meeste gevallen degene die deze beslissing zal voorbereiden. Uiteindelijk is het verstandig om het orgaan dat de betreffende archieven heeft gevormd, zoals de kerkenraad of het college van kerkrentmeesters, de definitieve beslissing te laten nemen of er daadwerkelijk vernietigd wordt.