In het presbyteriaal-gereformeerde stelsel vormt de kerkenraad de belangrijkste archiefvormende instantie op plaatselijk niveau. Een kerkenraad bestaat in de regel uit predikant(en), ouderlingen en diakenen. De archieven van de diaconie vormen een aparte categorie. In de evangelisch-lutherse traditie vormt ook de predikant als zodanig een archief.
Ingewikkelder is de situatie rond colleges van kerkvoogden of kerkmeesters, die – in onderscheid van de kerkenraad als bestuur in geestelijke zaken (‘spiritualia’) – verantwoordelijk zijn voor het beheer van stoffelijke of ‘tijdelijke’ goederen (‘temporalia’).
Net als in de tijd vóór de Reformatie was in de voormalige Nederlandse Hervormde Kerk het beheer van deze goederen geen taak van de kerkenraad en maakten de archieven van kerkmeesters/kerkvoogden daarom geen deel uit van het archief van de kerkenraad (laat staan van de diaconie). Vóór 1795 waren kerkmeesters (als voormalige parochiebeheerders) juist een soort overheidsfunctionarissen, zodat de archieven van hun colleges in overheidsarchief zijn opgenomen.
De hervormde kerkorde van 1951 introduceerde het ambt van ouderling-kerkvoogd, maar lang niet alle kerkvoogdijen voegden zich langs deze weg in de structuur van de kerkenraad. Zeker in de aanloop naar de vorming van de Protestantse Kerk in Nederland in 2004 brachten tal van kerkvoogdijen hun ‘vrij beheer’ onder in een zelfstandige stichting. Daarnaast kent de Protestantse Kerk, ook door het fenomeen van ‘evangelisaties’, nogal wat semi-kerkelijke verenigingen en stichtingen die soms later in een plaatselijke gemeente zijn opgegaan, soms in nauwe samenwerking daarmee afzonderlijk zijn blijven voortbestaan.
De voormalige Gereformeerde Kerken in Nederland zijn zuiver presbyteriaal georganiseerd en dat geldt doorgaans ook voor de kleinere kerkverbanden in de afgescheiden-gereformeerde traditie.
Onder het archief van een kerkenraad vallen in principe notulen van vergaderingen, correspondentie, jaarverslagen en ledenregisters; het archief van de diaconie omvat naast notulen en brieven ook eigendomsbewijzen en financiële stukken. Vrijwel altijd kent een gemeente ook commissies, werkgroepen, verenigingen en dergelijke die al dan niet onder ambtelijke verantwoordelijkheid functioneren. De archiefvorming hiervan is met het kerkelijk archief verweven. Zie ook B1.